İyonya Okulu üyelerinden hiçbiri, Pithagoras kadar sonraki kuşaklar üzerinde etkili olmamıştır. M.Ö.560 civarında, Milet’in yaklaşık 50 km. kuzeybatısındaki Sisam adasında doğan Pithagoras, bilim adamının ilk örneğini teşkil ettiği gibi, aynı zamanda dinî bir lider idi. Hakkında birçok hikâye vardır. Milâttan önce altıncı yüzyıl boyunca Yunanistan’ın her yanında görülen dinî canlanma hareketine katılmış ve zamanla yeni bir tür kutsallık anlayışına sahip olan bir kardeşlik tarikatının lideri olmuştur. Pithagoras Tarikatı, üyelerinin keşiş gibi (asketik) davranmalarını, bazı eylemlerden sakınmalarını, belirli bazı gıdalardan uzak durmalarını istemekteydi. Üyelerin et yemedikleri, alkol kullanmadıkları ve yün gibi hayvan ürünlerini giymekten kaçındıkları zannedilmektedir. Erkekler gibi kadınlar da tarikat üyesi olabilmekteydi. Bütün üyeler, kendilerini diğer insanlardan farklı kılan bir kıyafet giymekte, yalınayak dolaşmakta ve yokluk içinde basit bir yaşam sürmekteydi.

Pithagorasçılara göre ruh, vücudu geçici veya sürekli olarak terkedebilmekte ve diğer bir insana geçebilmekteydi. Böyle bir görüşün Doğu kaynaklı olması mümkün ise de, Pithagorasçı hareket, şarap tanrısı Diyonizos’a bağlı mezhebin aşırılığına karşı bir tepki gibi görünmektedir. Zamanla, kendini toplumdan uzak tutan bir tarikattan bekleneceği gibi, siyasî fikirler ile dinî fikirler kaynaşmış ve sonuçta Pithagoras Sisam adasını terketmek zorunda kalmıştır. Güney İtalya’daki Kroton’a (şimdi Crotona) gitmiş ve orada, aristokrasinin yönetimini savunan ahlâkî-siyasî-felsefî bir akademi kurmuştur. Akademi önceleri, demokrasinin yükselişine karşı çıkanlar tarafından iyi karşılandı, ancak daha sonra, doktrinleri kabul edilemez bulunduğundan, Pithagoras şehri terketmek zorunda kalmıştır. Kuzeydoğuya, Tarento körfezi üzerindeki Metapontion’a gitmiş; M.Ö.500 civarında orada ölmüştür. Elli yıl kadar sonra, İtalya’nın güney kıyılarında bulunan Yunan şehirlerinde şiddetli bir demokratik devrim meydana geldiğinde, Pithagorasçı hareket saldırıya uğramış ve toplantı yerleri tahrip edilmiştir. Buna rağmen, üyelerinin bir kısmı kuzeydoğudaki Tarentum’a, bir kısmı da Yunan yarımadasındaki Filiasos’a (veya Phileius) kaçmayı başarmıştır. Tarentum’dakiler, M.Ö.350′ye kadar siyasî bir güç olarak kalmıştır.

Bilim tarihçileri bugün Pithagoras’ın kesin olarak ne öğrettiği ve kimlere ders verdiği konusunda anlaşmazlığa düşmüşlerdir. Yalnızca küçük bir öğrenci grubunu eğitmiş olması çok muhtemeldir. Ayrıca Pithagoras doktrinlerinin hangilerinin Pithagoras’ın şahsına, hangilerinin onun öğrencilerine ait olduğuna karar vermek de imkânsız gibi görünmektedir. Herşeye rağmen, milâttan önce dördüncü yüzyılda diğer Yunan filozofları, haksız da olsalar, bazı fikirlerin Pithagoras’a ait olduğuna inanmaktaydı. Ancak, bu varsayımı burada tartışmak gereksizdir; çünkü bizi, bu fikirlerin kesin kaynağından çok, yapmış olduğu etkiler ilgilendirmektedir.